Silent Hill: Origins ยังมีรูปแบบการเล่นหลักๆ เช่นเดียวกับเกมภาคก่อนๆ ตัวเกมจะใช้มุมมองบุคคลที่สามเป็นหลัก ผู้เล่นจะได้ผจญภัยไปพร้อมกับต่อสู้กับสัตว์ประหลาด และไขปริศนาต่างๆ โดยจุดเด่นอย่างหนึ่งของภาคนี้คือ ระบบการต่อสู้ ผู้เล่นยังสามารถใช้อาวุธได้ทั้งระยะใกล้ และอาวุธปืนเช่นเดิม แต่อาวุธระยะใกล้จะมีให้เลือกหลากหลายขึ้น เช่นท่อนไม้ โคมไฟ ประแจเหล็ก ฯลฯ ซึ่งเมื่อใช้ไปแล้วก็จะค่อยๆ เสื่อมสภาพลงจนพังไปในที่สุด และยังมีอาวุธประเภทที่ใช้ได้ครั้งเดียวด้วย แต่จะมีประสิทธิภาพมากพอที่จะสร้างความเสียหายให้ศัตรูมากกว่าปกติ ผู้เล่นจะสามารถเก็บอาวุธเหล่านี้ได้ทั่วไป ในการต่อสู้ยังมีการเพิ่มระบบ Quick Time Event เข้ามาด้วย ศัตรูบางตัวจะสามารถจับตัวผู้เล่นไว้เพื่อสร้างความเสียหายต่อเนื่องได้ ผู้เล่นจะต้องกดปุ่มที่ปรากฏขึ้นให้ตรงตามที่กำหนดเพื่อเอาตัวรอด

จุดเด่นอีกอย่างหนึ่งของภาคนี้คือการที่สามารถข้ามไปมาระหว่างโลกปกติ และมิติของฝันร้ายได้ตลอดเวลาผ่านทางการแตะที่กระจกในเกม ซึ่งจะมีผลต่อการดำเนินเกมและไขปริศนาอย่างมาก ตัวอย่างเช่น เส้นทางที่ถูกปิดกั้นไว้ในโลกปกติ อาจสามารถผ่านไปได้ในมิติของฝันร้าย หรือการเปิดประตูในมิติของฝันร้าย จะทำให้ประตูในโลกปกติถูกเปิดไปด้วย เป็นต้น

ตัวเกมยังใช้ไฟฉายและวิทยุพกพาเป็นไอเทมเด่นของเกมเช่นเดิม ไฟฉายจะใช้ส่องทางในความมืด และวิทยุจะส่งสัญญาณเตือนออกมาเมื่อมีศัตรูเข้ามาใกล้

ระบบต่อสู้

จุดเด่นอีกอย่างหนึ่งของเกมก็คือระบบการต่อสู้ ในภาคนี้ ทราวิสสามารถใช้มือเปล่าต่อยศัตรูได้ อาวุธที่ใช้โจมตีระยะใกล้จะเกิดความเสียหายมากขึ้นและอาจพังได้เมื่อใช้ต่อสู้ไปนาน ๆ ศัตรูบางตัวสามารถเข้าจับผู้เล่นเพื่อทำร้ายได้วย โดยตัวเกมจะมีระบบควิกไทม์อีเวนท์ ที่แสดงปุ่มต่างๆขึ้นมาบนหน้าจอ หากผู้เล่นกดปุ่มได้ถูกต้องก็จะหลุดพ้นจากศัตรูนั้นๆได้ เกมภาคนี้ยังให้ความสำคัญกับค่าความเหนื่อยของทราวิสด้วย ซึ่งทราวิสจะหายใจหอบและวิ่งได้ช้าลง หากทำการวิ่งหรือต่อสู้กับศัตรูติดต่อกัน จำเป็นต้องหยุดพักสักระยะหรือใช้ไอเทมเครื่องดื่มบำรุงกำลัง เพื่อให้หายเหนื่อย และต่อสู้กับศัตรูได้ดีดังเดิม